Module - oldProtein

这个module仅在alpha开发时期维护，在初期作为权宜之计创建。

0. 导入

from biofkit.proteinKit import oldProtein
  

1. PDB文件读取

Function - pdb2List

加载PDB文件并返回一个列表，输出列表由若干个表示单个原子信息的列表构成，子列表的元素顺序为[原子序号(int), 原子类型(str), 残基名(str), 残基标号(int), 链名(str), X坐标(float), Y坐标(float), Z坐标(float)]。

def pdb2List(pdbFilePath: str, csvPath: str = '', colName: bool = False) -> list[list[int, str, str, int, str, float, float, float]]:
  """读取PDB文件并转换为列表

  参数：
    pdbFilePath (str)：PDB文件的路径
    csvPath (str)：如果需要输出一个csv文件，则填入欲写入文件的路径，不存在则创建
    colName (bool)：列表（和）csv文件是否需要列名

  输出：
    list：蛋白质结构（列表形式）
  """
  

例：

proList = oldProtein.pdb2List(pdbFilePath='~/example.pdb')
  

Function - pdb2Dict

加载PDB文件并输出一个字典，键为原子的属性，值为所有原子该属性组成的列表。{'Serial: [], 'Atom': [], 'ResName': [], 'ResSeq': [], 'ChainId': [], 'X': [], 'Y': [], 'Z': []}

def pdb2Dict(pdbFilePath: str) -> dict[str, list]:
  """读取PDB文件并输出一个字典
  
  参数：
    pdbFilePath (str)：PDB文件的路径

  输出：
    dict：蛋白质结构（字典形式）
  """
  

例：

proDict = oldProtein.pdb2Dict(pdbFilePath='~/example.pdb')
  

2. 蛋白列表字典互转

Function - proDict2ProList

把一个包含蛋白结构的字典转换为列表，函数包含了查错机制。

def proDict2ProList(rawDict: dict) -> list:
  """转换蛋白字典为蛋白列表

  参数：
    rawDict (dict)：蛋白字典

  输出：
    list：蛋白列表
  """
  

例：

proList: list = oldProtein.proDict2ProList(rawDict=exampleProDict)
  

Function - proList2ProDict

把一个包含蛋白结构的列表转换为字典，函数包含了查错机制。

def proList2ProDict(rawList: list) -> dict:
  """转换蛋白字典为蛋白列表

  参数：
  rawList (list)：蛋白列表
  
  输出：
  dict：蛋白字典
  """
  

例：

proDict: dict = oldProtein.proList2ProDict(rawList=exampleProList)
  

3. 蛋白列表/字典查错

Function - proListIsValid

检查一个蛋白列表是否合法，在函数proList2ProDict中有使用。

def proListIsValid(proList: list) -> bool:
  """检查蛋白列表的合法性

  参数：
    proList (list)：待检测的蛋白列表

  输出：
    bool：True则合法，否则会报错

  错误：
    IndexError：存在长度不为8的子列表
    TypeError：有原子信息的数据类型不正确
  """
  

例：

oldProtein.proListIsValid(proList=exampleProList)
  

Function - proDictIsValid

检查一个蛋白字典是否合法，在函数proDict2ProList有使用。

def proDictIsValid(proDict: dict) -> bool:
  """检查蛋白字典的合法性

  参数：
    proDict (dict)：待检测的蛋白字典

  输出：
    bool：True则合法，否则会报错

  错误：
    IndexError：值列表的长度不一致
    TypeError：有原子信息的数据类型不正确
  """
  

例：

oldProtein.proDictIsValid(proDict=sampleProDict)
  